La práctica totalidad del país corresponde al bioma de desierto. WWF divide el territorio de Egipto en nueve ecorregiones:
- Estepa arbustiva mediterránea, un pequeño enclave de bosque mediterráneo situado al oeste del delta del Nilo.Vulnerable, está amenazada por el cambio del pastoreo nómada tradicional a la agricultura y ganadería sedentaria.
- Sabana inundada del delta del Nilo, en el delta y el valle inferior del Nilo.
En peligro crítico. La construcción de la presa de Asuán puso fin a las crecidas anuales del Nilo, y los pantanos de papiro (Cyperus papyrus) que cubrían las zonas húmedas han desaparecido prácticamente. Por su parte, el delta está sufriendo erosión y salinización. - Estepa del Sahara septentrional, en el norte.Vulnerable. El hábitat permanece intacto en muchas áreas más secas
mientras que las que tienen mayor vegetación leñosa sufren más de la
corta y además la gran fauna se encuentra más amenazada o ha
desaparecido.
Tanto el jabalí Sus scrofa como el guepardo Acinonyx jubatus hecki (EN) probablemente han desaparecido de la región. Otros carnívoros que han reducido mucho sus poblaciones son el feneco Fennecus zerda y la hiena rallada Hyaena hyaena barbara. Struthio camelus camelus ha desaparecido del área y Chlamydotis undulata y Neotis nuba han sufrido reducciones drásticas.
Las gacelas, antaño abundantes, han desaparecido o se han enrarecido enormemente.
- Desierto y semidesierto tropicales del mar Rojo, en la costa del mar Rojo de la península del Sinaí. En peligro crítico. La ganadería, la caza furtiva y los vehículos todo-terreno son las principales amenazas.
- Desierto y monte xerófilo de Arabia y el Sinaí, en el resto del Sinaí. En peligro crítico.
- Desierto costero del mar Rojo, en la costa africana del mar Rojo.En esta ecorregión sólo sobreviven especies vegetales resistentes a la salinidad y la sequía y, a lo largo de los uadis del interior, algunas especies resistentes de acacia.
- Salobral del Sahara, en el oasis de Siwa y otros humedales saharianos. Relativamente estable/Intacto. Son áreas demasiado salinas para ser cultivadas. La única zona de la ecorregión que alberga una población humana permanente es el oasis de Siwa, en Egipto, debido a sus manantiales que proporcionan un suministro constante de agua.
- Monte xerófilo del macizo del Tibesti y el monte Uweinat, en el monte Uweinat, en la frontera con Libia y Sudán.Relativamente estable/Intacto.
- Desierto del Sahara, en el resto del país. Vulnerable.
